Szubsztitúciók és a szelekció árnyéka

4. jegyzet: note04-subst.

Témák: nukleotid szubsztitúciók, Markov modellek, Poisson folyamat, phylogenetic shadowing, likelihood számolása törzsfán (Felsenstein).

E heti cikk:Liò és Goldman. Models of molecular evolution and phylogeny. Genome Research, 8:1233–1244, 1998. 🔓 DOI:10.1101/gr.8.12.1233

Rejtett Markov modell

3. jegyzet: note03-hmm.

Témák: rejtett Markov modell (HMM), poszterior dekódolás, Viterbi algoritmus, Baum-Welch algoritmus.

Szekvencia modellek és szegmentálás

2. jegyzet: note02-szegmensek

Témák: FAE (i.i.d.) modell, modell választás (Minimum Description Length, AIC, BIC), szegmentálás dinamikus programozással

DNS média center

A DNA Learning Center kétperces videói (Cold Spring Harbor Labs):

• DNS csomagolás:
• DNS replikáció:

Aki még ezután is unatkozik, esetleg elütheti az időt DNS origami hajtogatásával. (USA verzió: fekete-fehér, színes, útmutató.)

 

Bevezető

A kurzus célja, hogy bevezesse a hallgatókat az informatika alkalmazásaiba a genomika területén. Megismerkedünk a genomszekvenálásban használt főbb algoritmikai  megoldásokkal, adatformátumokkal és szoftverekkel. Megvizsgáljuk továbbá a szekvenálás és a teljes genom szekvenciák hasznát néhány izgalmas területen (emberi populációk és egyedek közötti variációk, teljes ökoszisztémák szekvenálása, genomok evolúciós története).

Első jegyzet (áttekintés): note01-overview

Heti olvasmány: E.S. Lander. Initial impact of the sequencing of the human genome. Nature 470:187-197 (2011). 🔒DOI:10.1038/nature09792.