Populációk és metagenomika

(Ezeket az utolsó órán kiosztott jegyzeteket nem töltöttem fel annak idején.)

12. jegyzet (populációk és rokonság): note12-ibd

  • genetikai rokonság, identity by descent
  • emberi populációk története egyéni genomok alapján

13. jegyzetminikviz

14. jegyzet (metagenomika): note14-meta

  • metagenomikai analízis: taxonómia és funkció
  • összehasonlító metagenomika
  • metagenomok összerakása, IDBA-UD
  • emberi mikrobiom

 

Reklámok

Oldie but goodie

Annak idején Larry Hunter írt egy nagyon jó kis bevezetést a molekuláris biológiába informatikusok számára, ami alapolvasmány volt gyakorlatilag minden induló bioinformatikusnak a századforduló körül. Rákerestem, és kallódik még 1-2 példány az interneten, pl. itt, Hunter saját weboldalán. Meglepő módon, 20+ε év távlatából a “Molecular Biology for Computer Scientists” még mindig eléggé korrektnek tűnik, ajánlom legalább a 4. és 5. szakaszt elolvasásra. A 7. szakasz viszont elárulja a cikk korát: “Researchers without internet access can contact NCBI by writing to …” 🙂 Bizony, 1993-ban még lehetett kérni, hogy küldjék el levélben (hajlékonylemezen) a keresett szoftvert vagy szekvencia adatokat.

 

Annotáció és funkcionális genomika

7. jegyzet: note07-funkcannot. (A 6. oldalt átírtam, hogy ki lehessen nyomtatni.)

Témák: Centrális dogma (transzkripció, transzláció és a genetikus kód), de novo gén predikció, heurisztikus illesztés (seed-and-extend, spaced seed), szekvenálás-alapú módszerek a funkcionális genomikában: nyitott kromatin (DNase-seq), hiszton modifikáció és transzkripciós faktor kötődési helyei (ChIP-Seq), CpG szigetek és metiláció (biszulfitos szekvenálás).